漆黑的夜晚，一名间谍悄然潜入日本(běn )警方某机构，盗走了(le )记(jì )载(zǎi )着各国谍报机构重要数据的绝密文件的绝密数据。日本警方和FBI探员赤井秀一（池田秀一 配(pèi )音(yīn )）旋(xuán )即与间谍展开追逐。最后，逃亡者的车(chē )辆(liàng )坠落悬崖。第二天，柯南（高山南 配(pèi )音）和伙伴们来到东都水族(zú )馆观光，结果发现一名受伤的美丽女子（天海佑希 配音）。该女子处于失忆状态，身上的手机也破损无法使用。柯(kē )南等人答应要帮她恢复记忆，当他们七嘴八(bā )舌之际，藏在暗处的黑衣组织成员贝尔摩德（小山茉美 配音）冷冷地注视着这一切。在(zài )相处过程中，女子非凡的身手和奇怪的言行举止让灰原哀（林原惠美 配音）对其真实身份产(chǎn )生怀疑。                                                                    刚刚还一派祥和的水族馆，沉浸在快乐之中的人们，根本会想到(dào )随着那名神秘女子技艺的恢复，自己马上就要被卷入黑暗组织的杀戮和混乱之中……